Ve hře Alien: Fate of the Nostromo se hráči ujmou role členů posádky Nostromo Ripleyové, Lamberta, Parkera, Bretta nebo Dallase. V průběhu hry sbírají šrot, vyrábějí předměty a plní různé cíle. Posádka bude ztrácet a získávat morálku, jak se bude setkávat s Vetřelcem a dalšími situacemi. Pokud morálka posádky dosáhne nuly, hráči hru prohrají.
Každý tah má dvě fáze. Ve fázi akce posádky se hráči plíží chodbami Nostroma, sbírají šrot, vyrábějí předměty, obchodují se šrotem a předměty s ostatními hráči a používají předměty a jejich speciální schopnosti. Brett například může vyrábět předměty s nižší spotřebou šrotu než ostatní hráči. Pokud se Vetřelec nachází v okruhu tří políček od hráče s plamenometem, může jej tento hráč použít a poslat Vetřelce zpět do jeho hnízda.
Ve fázi Setkání si hráči vylosují a vyřeší kartu Setkání. Vetřelec může číhat za jakýmkoli rohem...
Jakmile hráči splní své počáteční cíle, čeká je jedna z pěti závěrečných misí, z nichž každá má jedinečné požadavky. Hráči musí splnit požadavky závěrečné mise současně, aby vyhráli hru. Pro náročnější výzvu mohou hráči použít také vědeckého důstojníka Ashe. Ten se pohybuje po lodi, odstraňuje šrot a nutí posádku ztrácet morálku.