Hra Flying Colors rekonstruuje námořní manévry z období největší slávy plachetnic. Vyzkoušet si můžete malá střetnutí až po bitvy, kterých se účastní desítky lodí v každé flotile. Hra je svižná a nevyžaduje předem naplánované pohyby, které se vyskytují v mnoha jiných námořních hrách. Místo toho jednoduchý systém iniciativy a velení umožňuje hráčům realistickým způsobem manévrovat svými flotilami.
Spíše než na schopnosti jednotlivých lodí se hra Flying Colors zaměřuje na široké třídy plavidel a soustředí mysl hráčů na udržení velení nad svými flotilami pomocí jednoduchého systému příkazů.
Nejedná se o hru na strategické úrovni, kde jedna figurka představuje několik lodí. Flying Colors obsahuje individuálně pojmenované lodě ohodnocené podle velikosti, dělostřelecké schopnosti, schopnosti nalodění a schopnosti poškození. Součástí jsou také téměř čtyři desítky individuálně pojmenovaných velitelů, kteří jsou hodnoceni podle schopnosti ovládat své formace a také podle vlivu své přítomnosti ve flotile. Herní systém poskytuje to, co námořní nadšenci očekávají v námořní taktické hře. To vše je popsáno v krátkých a přístupných pravidlech.
Součástí hry jsou i historické scénáře. Bitvy jsou různě velké, od malých střetnutí hratelných na jedné mapě až po obrovské bitvy hratelné na třech mapách. Hráči si také mohou vytvářet vlastní varianty a scénáře typu „co kdyby“ pomocí bodových hodnot pro jednotlivé lodě. Většinu scénářů lze odehrát během několika hodin a i ty největší mohou sehrát dva soupeři během jednoho dne. Některé z nich jsou vhodné i pro solitérní hraní.